Die WDA verfügt über ein eigenständiges fachliches Leitungsteam: Es hält die Lehrrinhalte auf dem aktuellen Stand, bestimmt die Lehrer und kümmert sich ganz allgemein um eine offene, einer Akademie für Gestaltung angemessene Kultur. Das Management für die Ausbildung an der WDA erfolgt durch das zuständige Schulungsreferat, dessen Produktmanager und seinen MitarbeiterInnen sowie den fachlichen Leitergangsleitung der Werbe Design Akademie.